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| 1 | 生物分类学的新动向——DNA条形编码显示文摘过去的一年中 ,DNA条形编码 (DNABarcoding)成为生物分类学中引人注目的新方向。DNA条形编码 ,根据对一个统一的目标基因DNA序列的分析 ,达到物种鉴定的目的 ,它操作的简便性和高效性将以我们无法想象的速度加快物种鉴定和进化历史研究的步伐 ,但国际上对此的争论也不少。本文综述了DNA条形编码的原理、操作过程及最新进展 。 | 肖金花 肖晖 黄大卫 | 2004 | 动物学报2004，50，5： | 180 |
| 2 | 从DNA序列到物种树显示文摘从DNA序列到物种树张亚平(中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放研究实验室650223)关键词DNA序列,基因树,物种树Keywords:DNASequence,Genetree,SpeciestreeDNA不仅是主要的遗传物质,同时也是生物进... | 张亚平 | 1996 | Zoological Research1996，17，3： | 83 |
| 3 | DNA序列在植物系统学研究中的应用显示文摘植物DNA序列由于进化速率上的差异而适用于不同分类阶元的系统发育研究 ,因此 ,针对某一特定的系统学问题选择相应合适的分子片段是分子系统学研究中最为关键的一步。在前人研究的基础上 ,主要讨论了目前分子系统发育和进化研究中一些常用的DNA序列的适用范围 ,包括nrDNA的 18S基因及ITS等非编码区 ,cpDNA的编码基因 (rbcL、matK、ndhF、atpB)及非编码区序列 (rpL16、rpoC1、rps16、trnL F和trnT L)和应用较少的mtD NA。研究表明 ,18S、rbcL等编码基因及mtDNA一般适用于较高分类阶元甚至整个种子植物谱系间的系统发育的探讨 ,而ITS及cpDNA的非编码区序列等因其较快的进化速率多用于较低分类阶元的系统关系研究。 | 田欣 李德铢 | 2002 | 云南植物研究2002，24，2： | 118 |
| 4 | 新一代分子标记——SNPs及其应用显示文摘单核苷酸多态性 (SNPs)是广泛存在于基因组中的一类DNA序列变异 ,其频率为 1%或更高。它是由单个碱基的转换或颠换引起的点突变 ,稳定而可靠 ,并通常以二等位基因的形式出现。采用生物芯片和DNA微阵列技术来检测SNP ,便于对基因组进行大幅度和高通量分析。因此 ,作为新一代分子标记 ,SNP在生物学诸多领域具有广阔应用前景。本文简要叙述SNPs技术的发展历史、研究动态以及相关的理论 ,介绍了与SNPs相关的基本术语、概念及其特点 ,列举了发现与检测SNPs主要技术的原理和方法 ,同时还根据一些具体实例介绍了SNPs在模式动、植物遗传图谱构建、品种鉴定、物种起源与亲缘关系、连锁不平衡与关联分析及其在群体遗传结构及其变化机制研究中的应用。最后展望了SNPs在群体遗传。 | 邹喻苹 葛颂 | 2003 | 生物多样性2003，11，5： | 85 |
| 5 | F型、H型居群的铁皮石斛rDNAITS区序列差异及SNP现象的研究显示文摘目的 :研究铁皮石斛主产区F型和H型居群rDNAITS碱基序列的差异。方法 :运用PCR直接测序法对广西、贵州、云南铁皮石斛主要居群的rDNAITS区 (包括ITS1,5 .8SrDNA ,ITS2 )碱基序列进行了序列测定。结果 :在铁皮石斛各居群中 ,F型居群与H型居群植株的rDNAITS区碱基序列有 2个位点差异 ,且变异分别发生在ITS1区及 5 .8S区内。研究表明 :铁皮石斛居群内部rDNAITS区的差异与植物生活型的差异呈一定的相关性 ,H型居群的铁皮石斛是F型的变种。在F型与H型居群间 ,其 5 .8SrDNA区存在单核苷酸多态 (SNP)现象。首次报道了铁皮石斛ITS区的碱基序列 ,ITS区总长度为 6 34bp ,其中ITS1为 2 31bp ,5 .8S为 16 3bp ,ITS2为 2 4 0bp。结论 :rDNAITS区碱基序列的比较分析进一步证明铁皮石斛F型居群与H型居群间具有显著的差异性。 | 丁小余 王峥涛 徐珞珊 徐红 周开亚 施国新 | 2002 | 中国中药杂志2002，27，2： | 63 |
| 6 | 金钱白花蛇及其伪品的Cyt b基因片段序列分析和PCR鉴别研究显示文摘对金钱白花蛇及其伪、混品药材和原动物的Cytb基因片段的序列分析发现,该基因片段在金钱白花蛇及其伪品间的差异远远大于金钱白花蛇种内个体间的差异,是理想的用于鉴别金钱白花蛇及其伪混品的分子遗传标记。在对Cytb基因片段序列分析的基础上,设计了金钱白花蛇PCR鉴别的一对高度特异性引物BuL1和BuH1。结果表明,该对引物在对金钱白花蛇的PCR鉴别中,用60℃~65℃的复性温度,可以100%检出金钱白花蛇,误检率和漏检率为0,并能在混合的药材粉末中检测出被检样品中是否含有金钱白花蛇组份。本研究还表明PCR鉴别将有可能成为中成药复方组分鉴别的一种新手段。 | 王义权 周开亚 徐珞珊 徐国钧 | 1998 | 药学学报1998，33，12： | 56 |
| 7 | 马鹿四个亚种的起源和遗传分化研究显示文摘利用线粒体DNA的细胞色素b基因片段序列差异来分析探讨马鹿(Cervuselaphus)4个亚种的起源和遗传分化问题。结果表明:马鹿各亚种的DNA差异都达到了亚种分化水平,并指出天山马鹿(Cesongaricus)东西两个种群可能是两个不同的亚种;马鹿各亚种在54—76万年前开始分化,其中天山马鹿最先分化出来;马鹿与梅花鹿(Cervusnippon)间较低的种间遗传差异可能说明二者分化较晚,亲缘关系较近。 | 李明 王小明 盛和林 玉手英利 增田隆一 永田纯子 大泰司纪之 | 1998 | Zoological Research1998，19，3： | 43 |
| 8 | Studies on the integration of hepatitis B virus DNA sequence in human sperm chromosomes显示文摘Aim:To study the integration of hepatitis Bvirus(HBV)DNAinto sperm chromosomes in hepatitsBpatients and the features of its integration.Methods:Sperm chromosomes of 14subjects(5healthy controls and9HBpatients,including1acute hepatitis B,2chronic active hepatitisB,4chronic persistent hepatitsB,2HBsAg chronic carriers with no clinical symptoms)were prepared using imterspecific in vitro fertilization between zona-free hamster oocytes and human spermatozoa.Fluosescence in situ hybridization(FISH)to sperm chromosome spreads was carried out with biotin-labeled full length HBVDNAprobe to detect the specificHBVDNA sequences in the sperm chromosomes.Results:Specific fluorescent signal spots for HBVDNAwere seen iv sperm chromosomes of one patient with chronic persistent hepatitisB.In9(9/42)sperm chromosome complements containing fluorescent signal spots,one presented5obvious FISHspots and the others2to4signals.The fluorescence intensity showed significant difference among the signal spots.The distribution of signal sites among chromosomes seems to be random.Con clusion:HBV could integrate into human sperm chromosomes.Results suggest that the possibility of vertical transmission of HBVvia the germ line tothe next generation is present. | Jian-Min HUANG~(1,*), Tian-Hua HUANG~1, Huan-Ying QIU~2, Xiao-Wu FANG~1, Tian-Gang ZHUANG~1, Jie-Wen QIU~3 ~1Department of Cell Biology and Medical Genetics, Shantou University Medical College ~2Shantou University Hospital ~3Department of Infectious Disease of the Second Affiliated Hospital, Shantou University Medical College, Shantou 515031, China | 2002 | Asian Journal of Andrology2002，4，3： | 49 |
| 9 | 三株菲降解细菌的分离、鉴定及降解特性的研究显示文摘从石油污染土壤中分离纯化到 3株能以菲为唯一碳源和能源生长的革兰氏阴性杆菌、好氧、不形成芽孢、端生或侧生单根鞭毛 ,分别命名为菌株ZX4、ZX6和EVA17.据部分片段长度的 16SrDNA序列比对分析和生理生化试验结果 ,确认此 3株菌均为鞘氨醇单胞菌属 (Sphingomonas)细菌 ,菌株ZX4为少动鞘氨醇单胞菌 (S .paucimobilis) ,菌株ZX6为溶芳烃鞘氨醇单胞菌 (S .aromaticivorans) ,菌株EVA17尚不能确定 .分析了各菌株在系统发育中的分类地位 .菌株ZX4在 14d内对含量为 10 0 0mg·L-1的菲降解率可达 98 74%.不同底物实验结果表明 ,菌株EVA17可能同时拥有两条菲降解途径 . | 周德平 夏颖 韩如旸 闵航 | 2003 | 环境科学学报2003，23，1： | 45 |
| 10 | DNA序列数据挖掘技术显示文摘DNA序列数据是一类重要的生物数据.研究DNA序列数据解读其含义是后基因组时代的主要研究任务.数据挖掘是目前最有效的数据分析手段之一,用于发现大量数据所隐含的各种规律,也是生物信息学采用的主要数据分析技术.将数据挖掘技术用于DNA序列数据分析,已得到了广泛关注和快速发展,并取得了许多研究成果.综述了DNA序列数据挖掘领域的研究状况和进展,提出了3个研究阶段:基于统计的挖掘方法应用阶段、一般化挖掘方法应用阶段和专门的DNA序列数据挖掘方法设计阶段.阐述了DNA序列数据挖掘的基础是序列相似性,评述了DNA序列数据挖掘领域所采用的关键技术,包括DNA序列模式、关联、聚类、分类和异常挖掘等,分析讨论了其相应的生物应用背景和意义.最后给出DNA序列数据挖掘进一步研究的热点问题,包括DNA序列数据新的存储和索引机制的设计、根据生物领域知识的数据挖掘新模型和算法的设计等. | 朱扬勇 熊赟 | 2007 | 软件学报2007，18，11： | 36 |
| 11 | 中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究显示文摘利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。 | 邱高峰 常林瑞 徐巧婷 方雄英 楼允东 | 2000 | Zoological Research2000，21，1： | 40 |
| 12 | Identification of herbal medicinal materials using DNA barcodes显示文摘Herbal medicinal materials have been used worldwide for centuries to maintain health and to treat disease.However,adulteration of herbal medicines remains a major concern of users and industry for reasons of safety and efficacy.Identification of herbal medicinal materials by DNA technology has been widely applied,started from the mid-1990s.In recent years,DNA barcoding of global plant species using four standard barcodes(rbcL,matK,trnH-psbA and ITS) has been a major focus in the fields of biodiversity and conservation.These DNA barcodes can also be used as reliable tools to facilitate the identification of herbal medicinal materials for the safe use of herbs,quality control,and forensic investigation.Many studies have applied these DNA barcodes for the identification of herbal medicinal species and their adulterants.The present article reviews efforts in the identification of herbal medicinal materials using the standard DNA barcodes and other DNA sequence-based markers. | Ming LI Hui CAO Paul Pui-Hay BUT Pang-Chui SHAW | 2011 | Journal of Systematics and Evolution2011，49，3： | 33 |
| 13 | 菌渣纤维素降解菌的筛选与鉴定显示文摘为了寻找高效纤维素降解菌,提高菌渣堆肥微生物发酵效果,促进菌渣高效循环利用,从不同地点堆放的杏鲍菇菌渣中采集样品,利用羧甲基纤维素钠培养基分离纤维素降解菌,结合纤维素刚果红水解圈测定、滤纸条降解试验和纤维素酶(滤纸酶FPA、内切葡聚糖酶CMCase、外切葡聚糖酶C1、葡萄糖苷酶β-Gase)活性测定,筛选到4株(FB7、CB1、BC11、BC12)具有高效纤维素降解能力的细菌,经16S r DNA序列分析,鉴定FB7、CB1为枯草芽孢杆菌,BC11为链霉菌属Streptomyces albus,BC12是丛毛单胞菌属的Comamonas_jiangduensis,其中FB7降解能力强,可将滤纸条降解成糊状(10 d),纤维素酶活力很高,摇瓶发酵4 d后FPA、CMCase、C1酶、β-Gase的酶活分别为22.81、314.50、2.78、188.09 U·g-1。复合菌剂CB1+BC11+FB7的FPA、CMCase、C1酶、β-Gase的酶活高于其他各组合,为31.56、133.63、2.31、217.21 U·g-1,与FB7相比分别提高了38.4%、11.2%、178%、70.3%,将复合菌CB1+BC11+FB7接种到菌渣堆肥中,与对照相比,能快速提高堆体温度,且在翻堆后能更好地维持堆温。 | 刘晓梅 邹亚杰 胡清秀 杨小红 沈德龙 | 2015 | 农业环境科学学报2015，34，7： | 33 |
| 14 | 通过Cyt b基因同源序列比较评估厦门文昌鱼的分类学地位显示文摘白氏文昌鱼Branchiostomabelcheri (Gray)在我国和日本沿海均有分布 ,由于南、北方文昌鱼形态学上有一定差异 ,且二者间存在一些过渡类型 ,其分类地位问题仍有待进一步澄清。本文测定了厦门欧厝海域产的文昌鱼mtDNACytb基因序列 ,并与日本产的文昌鱼以及另外产于大西洋的两种文昌鱼Cytb基因序列比较。分子系统学分析结果表明 :厦门欧厝海域产的文昌鱼与日本产的文昌鱼平均遗传距离为 2 1 12 % ,达到了种间分化的水平 ;经过对已有文献和文昌鱼地理分布的综合分析 ,作者建议将原来的白氏文昌鱼青岛亚种B belcheritsingtauense提升为种 ,南、北方所产文昌鱼分别作为两个独立的种存在 ,即南方的B belcheri (Gray)和北方的B | 王义权 许群山 彭宣宪 周涵韬 | 2004 | 动物学报2004，50，2： | 34 |
| 15 | The Development and Standardization of Testing Methods for Genetically Modified Organisms and their Derived Products显示文摘轻拍的张(相应作者) | Dabing Zhang Jinchao Guo | 2011 | Journal of Integrative Plant Biology2011，53，7： | 30 |
| 16 | 利用DNA序列构建系统树的方法显示文摘利用DNA序列进行系统发生分析是分子进化研究的必要手段。构建系统树的方法有距离法、简约法、最大似然法以及贝叶斯推断法等。要解决特定的系统发生问题,首先要挑选合理的分类群及序列,尽量减少数据的偏倚,然后选择构树方法,最后还要对结果进行评价并给出进化学上的解释。通过讨论挑选数据的原则及存在的问题,介绍了几种构树方法的基本原理及步骤,并列举了它们的优缺点。 | 李涛 赖旭龙 钟扬 | 2004 | 遗传2004，26，2： | 25 |
| 17 | 古代书画文物上污染霉菌的分离与鉴定研究显示文摘书画文物由于组成多为有机质成分,自身抵抗环境变化能力比较差,容易被霉菌污染而产生霉斑。通过对古代书画文物霉斑上的霉菌进行分离鉴定,可以更好地了解污染古代书画文物的霉菌的特性。本实验对分离于古代书画文物表面霉斑处的22株真菌进行纯化培养,采用真菌ITS区rDNA序列进行进化分析,并通过形态分析和菌丝的显微观察进一步验证了实验的结果,确定了引起古代书画文物污染的霉菌是由多种霉菌共同作用的结果,其中包括烟曲霉、棒曲霉、意大利青霉和黑曲霉等。根据这些霉菌的生长和繁殖特性提出了相关的控制措施,以达到抑制霉菌微生物的生长,使书画文物得到妥善保护。 | 闫丽 高雅 贾汀 | 2011 | 中国文物科学研究2011，，1： | 24 |
| 18 | 四个DNA片段在山茶属分子系统学研究中的应用显示文摘选取山茶属14个组中的10组21种植物对目前常用于属内种间的4个DNA片段(ITS、waxy、trnLF、rpL16)进行序列测定。结果表明:(1)来自叶绿体基因组的2个片段(trnLF、rpL16)其PCR扩增和测序都很容易,但两者的进化速率都非常慢,序列矩阵只有很少信息位点(trnLF含9个,rpL16为20个),不能提供必要的系统发育信息。(2)来自核基因组的ITS片段其PCR产物比较容易获得,但其序列的测定存在较多问题。(3)waxy是来自核基因组的另一个片段,其PCR扩增因受模板DNA的数量和质量的影响很大而有一定难度,但其进化速率较快,序列矩阵具有较多信息位点(92个),并且在山茶属是单拷贝,这对于解决山茶属这类具有许多近缘物种的类群的系统关系有重要价值。基于tsnLF、rpL16和waxy三组数据所建分子系统树支持山茶属为一单系,但属下系统由于取样等原因有待进一步研究。 | 杨俊波 李洪涛 杨世雄 李德铢 杨莹燕 | 2006 | 云南植物研究2006，28，2： | 22 |
| 19 | The impact of next-generation sequencing on genomics显示文摘这篇文章考察基本概念,一般应用程序,和下一代的定序的潜在的影响(NGS ) genomics 上的技术,与当前可得到、可能的未来平台和生物信息学的特别参考。NGS 技术表明了能力以崭新的速度,从而创新的以前不能想象的科学成就和新奇生物应用定序 DNA。但是, NGS 生产的巨大的数据也为数据存储,分析,和管理答案提出重要挑战。先进生物信息的工具为 NGS 技术的成功的申请是必要的。是在整个这评论证实了, NGS 技术将在 genomic 研究和全部生物的地上有惹人注目的影响。与它由以前的 genomic 技术处理未解决的挑战 unconquered 的能力, NGS 是可能的解开人的染色体的复杂性以基因变化,其中一些可以为某普通的人被限制到易受影响的 loci,调节。genomics 上的 NGS 技术的影响将远到达并且多年多半改变这个领域来。 | Jun Zhang Rod Chiodini Ahmed Badr Genfa Zhang | 2011 | Journal of Genetics and Genomics2011，38，3： | 23 |
| 20 | 从AFLP指纹和标记基因序列看我国养殖的四种鲍的亲缘关系显示文摘九孔鲍是我国南方主要的鲍养殖对象,皱纹盘鲍与盘鲍则在北方被广泛养殖。对于皱纹盘鲍与盘鲍,尤其是九孔鲍与杂色鲍的分类关系,迄今学术界还存在着不同看法。本文通过AFLP指纹的比较以及细胞核ITS-1和18SrRNA基因片段、线粒体16S rRNA和COI基因片段DNA序列的比较,发现九孔鲍与杂色鲍之间遗传趋异很小,只达到不同地方群体差异的水平;皱纹盘鲍与盘鲍趋异较大,可以认为是属于不同亚种。本研究结果同时表明AFLP技术是进行鲍种质鉴别和遗传多样性研究的有用手段。 | 王志勇 柯才焕 王艺磊 何家齐 朱嘉濠 | 2004 | 高技术通讯2004，14，12： | 21 |
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