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| 1 | 中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析显示文摘对中国对虾基因组随机测序 ,获得了总长度约为 641 0 0 0个碱基的基因组DNA序列 ,从中找到 1 362个重复序列。其中 ,两碱基重复类型的重复数目最多 ( 985个 ) ,占重复序列总数目的 72 .32 % ;其次是三碱基 ( 1 49个 )和四碱基 ( 1 0 2个 ) ,分别占重复序列总数目的 1 0 .94%和7.49%。另外 ,六碱基重复 34个 ,单碱基重复 5 0个 ,五碱基重复 5个 ,分别占重复序列总数目的 2 .5 0 %、3.67%、0 .37%。在单碱基重复类型中 ,重复拷贝类别为A的重复数目最多 ;两碱基重复类型中 ,AT重复数目最多 ,其次是AC和AG ;三碱基重复类型中以AAT重复拷贝类别最多 ,其次是AAG和ATC ;四碱基重复类型中 ,AGAT重复数目最多 ;五碱基重复类型只发现了AGAGA、GAGGC、TCTTC和TTTCT四种重复拷贝类别 ;六碱基重复中以ATTATC重复数目最多。其中一些序列已经提交GeneBank注册 ,注册号为AY5 4 5 898 AY5 4 5 91 3。中国对虾基因组二碱基重复类型中以不完全 (Imperfect)形式的微卫星序列为主 ,其中GC重复拷贝类别的重复数目很少。利用 8对微卫星引物对 60个个体遗传多样性分析 ,共获得了 60个等位基因 ,因此认为微卫星技术在中国对虾基因组研究中具有较好的应用前景。 | 高焕 刘萍 孟宪红 王伟继 孔杰 | 2004 | 海洋与湖沼2004，35，5： | 58 |
| 2 | 中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)人工选育群体不同世代的微卫星分析显示文摘采用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育快速生长基础群体和4个连续世代共计100个个体进行了遗传分析。对8个基因位点进行了扩增,共得到71个等位基因。每个位点的等位基因数从6到16不等,其大小在159—600bp之间,PIC(PolymorphismInformationContent)值为0.6628—0.9051,基因型数为17—67。5个世代群体的平均杂合度分别为0.7188、0.5687、0.6188、0.6438、0.66937。从F检验的数据来看,配对比较Fst值表明5个世代群体间的遗传分化程度较弱。Fis值的计算结果表明,有5个群体位点杂合度处于过剩状态,但对整个群体而言,5个世代群体均表现为一定程度的杂合子缺失。通过计算每个位点的等位基因数(na)、有效等位基因数(αe)、基因型数目(G)、最高频率等位基因的频率(F),以及基于基因型的P值,比较了5个群体的遗传变化。另外,5个世代群体间的相似性系数以及彼此间的遗传距离,体现出人工选育群体间的遗传分化程度较低,说明5个世代群体间的遗传分化程度较低,还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传响应。 | 张天时 王清印 刘萍 李健 孔杰 | 2005 | 海洋与湖沼2005，36，1： | 48 |
| 3 | 用微卫星DNA技术对中国对虾人工选育群体遗传多样性的研究显示文摘利用微卫星技术对中国对虾人工选育群体第1代和第6代群体的遗传多样性进行了分析。对10个微卫星位点进行了扩增,共产生74个等位基因,每个位点产生的等位基因数从3到13不等。在两个群体中,所观察到的等位基因数都比有效等位基因数多。多态信息含量PIC值0.5567~0.8877,说明这10个微卫星位点在中国对虾中具有较高的信息含量。两个群体的平均杂合度分别为0.6400(CP1)、0.6300(CP6),并通过计算基因型的P值,确定了对Hardy Weinberg平衡的偏离情况。对Fis值的计算表明两个群体内共有5个微卫星位点存在杂合度观察值过剩的现象。两个群体的Shannon多样性指数分别为1.6830、1.7382,整个选育群体(两个群体作为一个群体)的遗传多样性指数为1.7742。从遗传多样性所占的比例来看,96.415%的遗传变异是来自群体内,只有3.585%的遗传变异是来自群体间。两个群体间的相似性系数高达0.9187,彼此间的遗传距离仅为0.0848,体现出人工选育群体的遗传分化程度较低。结果均说明第6代群体还有较大的选育潜力,可以继续保持遗传效应,最终保证选种育种工作的成功。 | 张天时 刘萍 李健 孔杰 王清印 | 2005 | 水产学报2005，29，1： | 35 |
| 4 | 栉孔扇贝16S rRNA基因片段序列的多态性研究显示文摘采用PCR技术扩增了栉孔扇贝 (Chlamysfarreri)线粒体DNA的 1 6SrRNA基因片段 ,PCR产物经T载体连接之后进行了克隆、测序 ,得到 634bp的核苷酸序列 ;分析了该片段的大连、烟台、青岛、朝鲜 4个自然群体 31个个体的核苷酸序列多态性 ,共检测到 2 6个多态性核苷酸位点、1 8种单倍型。结果表明 ,4个群体中以朝鲜群体遗传多样性最高 ,其次为烟台、青岛群体 ,大连群体最低 ; | 刘亚军 喻子牛 姜艳艳 张留所 孔晓瑜 宋林生 | 2002 | 海洋与湖沼2002，33，5： | 40 |
| 5 | 中国对虾线粒体16SrRNA基因序列分析(英文)显示文摘中国对虾(Fenneropenaeuschinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明,测得的16SrRNA基因片段长为520bp,10个中国对虾个体间无碱基差异,其A、T、G、C含量分别为171bp(32.88%)、176bp(33.85%)、104bp(20.00%)、69bp(13.27%),AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列,以环斑鼓虾(Alpheusarmillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus,Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群:中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群;美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群,最后与中国对虾等聚到一起。同时可见,小褐美对虾(F.subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。 | 高天翔 李健 王清印 刘进贤 | 2003 | 中国水产科学2003，10，5： | 26 |
| 6 | 缢蛏六群体16S rRNA基因片段序列的差异分析显示文摘采用PCR技术扩增了缢蛏线粒体DNA的16SrRNA基因片段,PCR产物经纯化、测序、同源序列比对获得长度为440bp的核苷酸序列。利用16SrRNA基因片段分析了江浙沪地区三个野生群体(江苏射阳、上海崇明、浙江象山)和三个养殖群体(江苏射阳、上海奉贤、浙江象山)的遗传多样性,共检测到了19个单倍型和41个核苷酸多态位点。序列分析结果显示,三个野生群体之间出现了明显的遗传分化,其中崇明群体遗传多样性最高,其次为射阳群体,象山群体遗传多样性最低,表明崇明群体未受到养殖群体基因的污染。在养殖群体之间则没有达到遗传分化,且单倍型混杂,聚类结果显示与象山野生群体亲缘关系最近,这表明长期的养殖过程在一定程度上对野生群体产生了影响,降低了种质资源的丰富度。 | 牛东红 李家乐 汪桂玲 姜志勇 张文博 沈玉帮 冯冰冰 | 2007 | 上海水产大学学报2007，16，1： | 23 |
| 7 | 日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化显示文摘通过对日本沼虾(Macrobrachium nipponense)3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定,得到长度为495bp的片段,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6%、36.1%、22.7%和12.5%,AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16SrRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在3个群体中只有5个位点发生转换。另外,利用其454bp的同源序列,以中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾(M.rosenbergii)等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA3.1软件中的NJ法构建的分子进化树,日本沼虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起;另外,罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起,然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起,最后才与外群中国明对虾聚在一起。 | 孙悦娜 冯建彬 李家乐 聂式忠 | 2007 | 动物学杂志2007，42，1： | 22 |
| 8 | 中国重要海洋动物遗传多样性的研究进展显示文摘海洋动物遗传多样性的研究不仅可以揭示物种的起源与进化历史,而且为遗传资源的保存、海水养殖动物育种和遗传改良及整个海洋生态环境的修复和稳定等工作提供理论依据。本文概述了近十几年来我国重要海洋动物(主要包括鱼类、虾蟹类和贝类)遗传多样性研究所取得的成果,具体阐述其在种质鉴定、系统进化、群体遗传结构分析和良种培育等方面的应用,以期进一步推动海洋动物遗传多样性研究,加快优良种质的培育,促进海水养殖业的健康发展,实现海洋生物资源的合理开发和可持续利用。 | 崔朝霞 张峘 宋林生 尤锋 | 2011 | 生物多样性2011，19，6： | 22 |
| 9 | 中国对虾人工选育群体的同工酶分析显示文摘采用水平淀粉凝胶电泳技术对中国对虾人工选育子一代、子四代、子五代群体和黄、渤海野生群体遗传变异进行了同工酶比较分析。结果表明 ,在检测的 4个群体肌肉组织的 13个基因位点中 ,MDH 2 、GPI 、MPI 、PGM 2 和PGM 3 5个位点呈多态。PGM 3 位点上的变异程度最高 ,其等位基因频率呈递减趋势 ;人工选育群体在MPI 位点上出现 c基因 ,其等位基因频率呈递增趋势。中国对虾野生群体同人工选育群体的多态位点比例相同 ,为 38 4 6 % ;其平均观察杂合度分别为 0 0 5 77、0 0 377、0 0 2 6 3、0 0 2 31,呈依次递减趋势。中国对虾野生群体和人工选育群体之间的遗传距离平均值为 0 0 0 6 2 ,远大于子四代和子五代间的遗传距离。人工选育中国对虾群体的遗传多样性已有所降低 ,但在某些基因座位上出现了特异基因 ,这是否可作为具有良好生长特性和抗逆能力的人工定向选育群体的基因标记尚有待进一步研究。 | 李健 高天翔 柳广东 刘萍 王清印 | 2003 | 海洋水产研究2003，24，2： | 19 |
| 10 | 七种蝽mtDNA-16S rRNA基因序列多态性的研究(半翅目:蝽科)显示文摘测定蝽亚科2族4属7个种(宽碧蝽,辉蝽,凹肩辉蝽,角肩真蝽,褐真蝽,斑真蝽,全蝽)9个个体线粒体DNA(mtDNA)的16S rRNA基因片段,分析了其遗传多态性。通过测定该基因片段的序列发现,不同种群存在丰富的DNA序列多态性,同一种的不同个体差异较小,9个个体具有9种基因型。在扩增的长为400bp的基因片段中,通过排序,有338个碱基可用于这9个个体的比较。在这一基因片段中,共检测到122个多态性核苷酸位点(约36.1 )。NJ法构建的分子系统树表明碧蝽属归于短中片族,全蝽属的分化较其它属要早。 | 孙钦霞 张雅林 | 2004 | Entomotaxonomia2004，26，2： | 14 |
| 11 | 墨吉对虾Penaeus merguiensis线粒体16SrRNA基因序列分析显示文摘比较墨吉对虾 6个群体的线粒体 16SrRNA基因约 4 5 7个碱基对的DNA序列 .结果表明这 6个群体间的遗传距离 (D)在 0 - 0 .0 0 85之间 .未发现广东的 | 庆宁 林岳光 | 2002 | 华南师范大学学报(自然科学版)2002，34，3： | 14 |
| 12 | 我国近海中国对虾种群遗传差异的RAPD分析显示文摘应用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自我国近海烟台、长岛、青岛、宁波等 4个地方的 2 0只中国对虾进行了种群内和种群间遗传差异分析。在使用的 5 0个随机引物中 ,有 9个引物扩增出条带清晰的多态性片段。烟台、长岛、青岛、宁波等 4个地理种群内的遗传距离分别为 0 .0 15 4、0 .0 370、0 .0 46 2、0 .0 5 5 0 ,种群之间的遗传距离分别为 0 .0 793、0 .1139、0 .0 988、0 .1485、0 .0 880、0 .12 6 0。UPGMA和NJ法构建的种群间分子系统树基本一致 ,结果表明不同地理种群之间存在一定程度的遗传差异。 | 邱高峰 常林瑞 | 2001 | 上海水产大学学报2001，10，1： | 12 |
| 13 | 贝类种质资源保护研究进展显示文摘种质资源保护是保护生物学的重要内容之一。保护贝类种质资源,是使我国贝类养殖业健康持续发展的可靠保障。本文根据国内外近年的研究成果,对种质资源保护的方式、生物技术在贝类种质资源保护中的应用进行了综述,并展望了今后的发展趋势。 | 孙振兴 常林瑞 | 2005 | 海洋湖沼通报2005，，3： | 12 |
| 14 | 3个不同群体罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因序列分析及遗传差异显示文摘利用PCR技术扩增获得罗氏沼虾线粒体16SrRNA基因的部分片段,通过序列测定和用限制性内切酶MboI、AluI和TaqI分别对上述PCR产物进行限制性片段长度多态分析(RFLP),分析了取自缅甸引进种子代、广西养殖群体及江苏养殖群体3个不同群体罗氏沼虾的遗传差异。结果表明:在3个群体间序列同源性对比无变异,PCR-RFLP未发现有片段多态性,3个群体间不存在遗传结构差异。可能表明这3个群体的罗氏沼虾起源同一个种群,且分化较低。 | 蒋钦杨 杨学明 郭亚芬 蒋和生 兰干球 莫毅 | 2005 | 水产科学2005，24，10： | 11 |
| 15 | 罗氏沼虾3个群体线粒体COⅠ基因的序列差异和遗传标记研究显示文摘利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)线粒体DNA的COⅠ基因,测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明,缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498 bp的基因片段中,共检测到10个多态性核苷酸位点(占2.01%),17只个体具有5种基因型,3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示,江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近,其单倍型混杂聚成一支,而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COⅠ基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。 | 杨学明 郭亚芬 陈福艳 蒋钦杨 梁万文 蒋和生 | 2006 | 遗传2006，28，5： | 11 |
| 16 | 甲壳动物线粒体DNA的研究显示文摘对于甲壳动物的分子生物学研究特别是其中与进化相关的研究工作目前主要围绕着线粒体基因序列开展。在近 2 0年的生物线粒体序列研究过程中线粒体全序列的数量经历了一个飞速发展的过程 ,但甲壳动物中仅有 8个物种的线粒体全序列完成测序。通过对NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)的GenBank中数据的分析我们发现线粒体基因序列的数量占全部序列数的近一半。甲壳动物线粒体序列的研究主要围绕着 12srRNA、16srRNA和COI进行 ,国内的相关研究处于起步阶段。 | 方李宏 薛俊增 董双林 | 2004 | 海洋湖沼通报2004，，2： | 9 |
| 17 | 中国沿海鳓不同地理群体16SrRNA基因的遗传变异分析显示文摘为阐述过度捕捞后中国现存鳓(Ilisha elongata)资源的种质状况,采用16SrRNA基因测序技术对青岛、舟山、厦门和广州4个鳓地理群体的种群结构及遗传变异进行研究。通过对4个鳓群体共45个个体的线粒体16SrRNA基因进行测序,获得1个长度为657bp的同源序列。45个个体中共检测到32个多态位点,多态位点比例达4.88%,其中插入或缺失位点10个;45个个体中检测出20个单倍型,单倍型多样性指数(H)达0.812,核苷酸多样性指数(Pi)达0.0031,平均核苷酸差异数(K)达2.016。结果表明,中国现存鳓种群仍具较高的遗传多样性水平。对4个群体的遗传结构进行检测表明,青岛群体与其他3个群体间存在显著的遗传分化,两个类群间存在1个固定位点的核苷酸差异,分化系数(Fst)达0.3852(P<0.01),基因流(Nm)为0.7980;而舟山、厦门和广州这3群体内部则无显著遗传分化(P>0.01);AMOVA检测显示,69.48%的遗传差异存在于群体内部,而30.52%的遗传差异存在于群体间;聚类分析结果和单倍型网络关系图也证实上述鳓群体的地理分化。推测青岛群体的分化可能与晚更新世以来频繁的海平面变化有关。 | 吕振明 许逸天 吴常文 樊甄姣 张建设 | 2010 | 中国水产科学2010，17，3： | 9 |
| 18 | 中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析显示文摘对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)——100个样品的16S rRNA序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性(H)依次分别为0.689 5,0.521 1,0.573 7,0.600 0,0.721 1。对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著。对5个群体进行AMOVA分析结果表明,5个群体间存在显著性遗传差异。对5个群体构建分子系统树,结果表明,三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远。实验表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体:一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体。 | 周发林 江世贵 姜永杰 黄建华 马之明 | 2009 | 水产学报2009，33，2： | 8 |
| 19 | 脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)3个野生群体mtDNA 16S rRNA序列差异及长臂虾科系统进化关系显示文摘采用PCR扩增和序列测定等技术,对脊尾白虾3个野生群体共计58个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行初步研究。结果表明,在获得的长度为509bp核苷酸序列中,共检测到7个变异位点、8种单倍型,除象山湾群体外其它两个群体遗传多样性水平都较低。AMOVA分析表明,象山湾与莱州湾群体有显著的遗传差异,其余群体间的遗传差异不显著。另外,将本研究所得序列与GenBank中长臂虾科11个种的16SrRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类略有不同,并依据16SrRNA序列变异百分比推测了长臂虾科12个种的大致分化时间。 | 马朋 刘萍 李健 李吉涛 高保全 | 2012 | 海洋与湖沼2012，43，1： | 8 |
| 20 | 中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究显示文摘采用PCR扩增和序列测定等技术,对中国明对虾(Fennerpenaeus chinensis)线粒体DNA16S rRNA和细胞色素氧化酶I(COI)基因片段进行了初步研究,分别得到16S rRNA和COI 2个基因片段的碱基序列,其中16S rRNA基因片段的大小为515 bp,碱基A+T,G+C的组成分别为66.47%和33.53%;COI基因片段的大小为472 bp,碱基A+T,G+C的组成分别为62.50%和37.29%.在2种基因片段中,AT的组成明显高于GC的组成,这与果蝇、虾类、蟹类等无脊椎动物的16S rRNA和COI基因片段的研究结果相似.通过对中国明对虾16S rRNA和COI 2个基因片段遗传特征的研究,16S rRNA只有8处核苷酸的碱基在4个群体间表现出差异,COI基因片段中共检测出24个多态性核苷酸位点,其种内变异较低.另外,将本研究所得序列与GenBank中对虾科5个种的16S rRNA基因片段序列进行比较后,发现其聚类关系与传统分类相一致. | 麦维军 谢珍玉 张吕平 沈琪 胡超群 | 2009 | 海南大学学报(自然科学版)2009，27，1： | 7 |
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