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| 1 | 根际微生物研究进展显示文摘根际是土壤-植物生态系统物质交换的活跃界面。植物作为第一生产者同化大气CO2,将部分光合产物转运至地下,激发土壤微生物的生长和新陈代谢;土壤微生物则将有机态养分转化成无机形态,利于植物吸收利用。这个植物-微生物的互作关系维系和主宰着陆地生态系统的功能。自从100年前德国科学家LorenzHiltner提出根际概念以来,根际研究方兴未艾,研究内容不断得以丰富和发展。近年来,随着分子生物技术在土壤环境领域的应用,根际微生物研究出现快速发展的趋势。本文根据2004年在慕尼黑召开的第一届国际根际大会交流内容、结合近年来国际上报道的研究动向,对根际微生物研究方法、根际微生物生物多样性和生态功能、转基因生物的环境安全和根际微生物生物修复技术等内容作一综述。期望我国的根际微生物研究能在基础和应用领域得到快速发展。 | 陆雅海 张福锁 | 2006 | 土壤2006，38，2： | 204 |
| 2 | 广东与海南养殖罗非鱼无乳链球菌的分离、鉴定与特性分析显示文摘从中国广东、海南罗非鱼主养区发生爆发性疾病的多个养殖场的罗非鱼病鱼体上,分离到多株致病菌株。人工感染试验显示分离菌株具有较强的致病力,有多株经腹部注射分离细菌浓度为1×106CFU/mL时可使100%的受感染鱼死亡,选择其中7株强毒株进行药物敏感性实验与鉴定。不同菌株对药物敏感性存在一定的差异但与菌株来源无相关性,29种抗生素中对13种敏感、7种不敏感、9种存在菌株的差异。各分离菌株均为革兰氏阳性菌,呈β溶血。采用链球菌快速鉴定系统ID32STREP、Lancefield分析及多项补充生理生化鉴定结果,初步判断为无乳链球菌Streptococcus agalactiae。PCR扩增16S rRNA基因和GBS-specific gene cfb(CAMP factor)基因的全长序列,BLAST分析显示所有菌株的16S rRNA基因与GenBank上登录的无乳链球菌的相应序列高度同源(>99.8%),各分离菌株间的16S rRNA基因序列也高度同源(≥99.9%?100%)。各菌株cfb基因序列高度同源(100%),BLAST显示与已知无乳链球菌的相应序列也具有高度同源性(≥99.0%)。综合上述实验结果,可判定广东与海南罗非鱼主养区2009年夏季发生的罗非鱼爆发性疾病的病原菌为无乳链球菌。 | 卢迈新 黎炯 叶星 邓国成 江小燕 田园园 赖翠玲 | 2010 | 微生物学通报2010，37，5： | 108 |
| 3 | 16SrRNA在海洋微生物系统分子分类鉴定及分子检测中的应用显示文摘16 S r RNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到广泛认同 ,随着微生物核糖体RNA数据库的日臻完善 ,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文总结了 16 S r RNA作为海洋微生物系统分子分类鉴定的理论基础和具体方法 ,分析了用 16 S r RNA研究海洋微生物的进化关系 ,并且对 16 S r | 洪义国 孙谧 张云波 李勃生 | 2002 | 海洋水产研究2002，23，1： | 61 |
| 4 | 16S rRNA测序技术在肠道微生物中的应用研究进展显示文摘16S rRNA测序是高通量测序依赖的肠道微生物研究方法之一,该方法可以对肠道微生物中的所有菌种进行精确定量,因此正逐渐成为研究肠道微生物菌种丰度变化的主流。肠道微生物16S rRNA测序的应用过程中有两个问题至关重要,一是如何根据需要选择测序方案;二是面对高通量测序得到的海量数据,如何进行生物信息学分析,以得到具有生物学意义的结果。从测序平台、测序片段、测序数据量的选择3个方面讨论了如何选择测序方案,并从序列聚类与注释、群落结构分析、关键分类单位的筛选与功能分析等方面对目前常用的生物信息学分析手段进行综述。 | 李东萍 郭明璋 许文涛 | 2015 | 生物技术通报2015，31，2： | 51 |
| 5 | 基因间隔序列(ITS)在细菌分类鉴定和种群分析中的应用显示文摘Use of 16S-23S intergenic transcribed spacer (ITS) variability,as a relatively new method,is becoming an important supplement to the molecular methods based on 16S rRNA for which has a fairly constant size and is not divergent enough to give good separation in close relationships. This paper summarizes the structures and characteristics of ITS regions that are extremely variable in copy number,length and sequence per genome. The ITS region can be amplified easily taking advantage of conserved nucleotide stretches at the 5’ of the 16S and 3’ of the 23S gene,and the amplicon can contain different amounts of the 16S rDNA by choosing primers at different conserved areas within this gene. These primers are listed and discussed for perfecting the methodology of ITS. Furthermore,some recent progresses on the taxonomy,identification and community analysis of bacteria by means of ITS in epidemiology,ecology and artificial environment are reviewed,as well,the virtues and limitations of that method are discussed. Fig 2,Tab 1,Ref | 郑雪松 杨虹 李道棠 韩文卿 | 2003 | 应用与环境生物学报2003，9，6： | 51 |
| 6 | 16S rRNA序列分析法在医学微生物鉴定中的应用显示文摘16S rRNA序列分析作为微生物系统分类的主要依据已得到了广泛认同,随着微生物核糖体数据库的日益完善,该技术成为细菌分类和鉴定的一个有力工具。本文概述了 165 rRNA序列分析法的技术步骤以及该技术在医学微生物研究中的应用,总结了目前文献报导的各种致病微生物种属特异性 165 rRNA引物和探针序列,同时分析了该技术在应用中存在的一些问题。 | 周煜 | 1999 | 生物技术通讯1999，10，4： | 43 |
| 7 | 海南养殖罗非鱼(Oreochromis niloticus)致病链球菌的分离、鉴定及其药敏试验显示文摘采用常规的形态及生理生化特性检验、API20strep快速鉴定及分子生物学等方法,对引起2009年海南罗非鱼大规模死亡的病原菌进行了致病性、表型生物学,分子生物学及药敏试验的系统研究。结果表明,2株分离菌均为无乳链球菌,对罗非鱼具有很强的致病性。分离菌16SrRNA基因序列(GenBank登录存取号分别为GU363869和GU363870)与其它链球菌的16SrRNA基因同源性相似性在96.5%—100%之间,所测2株病原菌16SrRNA基因之间的同源性为100%。16SrRNA基因构建的系统进化树表明,2株病原菌均与无乳链球菌聚类。药敏试验结果表明,分离菌株对头孢类药物、阿莫西林、强力霉素等27种试验药物较敏感,对复方新诺明、卡那霉素等11种试验药物不敏感,对庆大霉素的敏感性不同。 | 祝璟琳 杨弘 邹芝英 李大宇 肖炜 | 2010 | 海洋与湖沼2010，41，4： | 47 |
| 8 | 两株高产纤维素酶细菌的筛选、鉴定及酶学特性显示文摘从腐烂枯叶及附近土壤筛选分离得到2株产纤维素酶的菌株。经细菌形态观察、生理生化实验并结合16S rRNA序列分析,将其初步鉴定为地衣芽孢杆菌CT1(Bacillus licheniformis CT1)和枯草芽孢杆菌CM2(Bacillus subtilis CM2)。经摇瓶发酵,测定其CMCase、FPA酶活力,结果表明CT1和CM2在液体摇瓶培养4 d后的CMC酶活最大,分别可达163.3 U/mL和167.17 U/mL;CT1摇瓶培养2 d后,FPA酶活达到了211.17 U/mL,CM2摇瓶培养3 d后,FPA酶活为207.83 U/mL。进行不同碳源对菌株产酶能力影响的试验,并通过SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳、银染后初步分析纤维素酶谱条带,发现菌株对不同来源纤维素的降解能力及产纤维素酶的种类均有所不同。 | 陈丽燕 张光祥 黄春萍 熊艳 李敏 常丽梅 张晓喻 | 2011 | 微生物学通报2011，38，4： | 46 |
| 9 | 黄颡鱼致病性维氏气单胞菌的分离鉴定显示文摘从发病的黄颡鱼体内分离到1株优势菌RC110724,经人工感染试验证实其对黄颡鱼有较强的致病性.根据分离菌株的形态学特征、生理生化特性,结合16SrRNA序列等综合分析,鉴定该病原菌为维氏气单胞菌(Aero-monas veronii,登录号:KC663719).系统发育树分析表明,分离菌株与维氏气单胞菌的模式菌株ATCC 35624T亲缘关系最近,同源性为99.8%.药敏试验结果显示阿奇霉素、链霉素、呋喃唑酮、庆大霉素、氟苯尼考、恩诺沙星等10种药物对菌株RC110724有较好的抑菌效果. | 朱成科 向桢 叶华 郑曙明 郑永华 | 2013 | 西南大学学报(自然科学版)2013，35，5： | 35 |
| 10 | 中国对虾16SrRNA基因序列多态性的研究显示文摘利用PCR技术扩增获得中国对虾 (Penaeuschinensis)线粒体DNA的 16SrRNA基因片段 ,通过测定该基因片段的序列 ,分析了取自我国烟台、长岛、青岛近海和宁波养殖的 17只中国对虾遗传多态性。结果发现 ,不同地理种群存在丰富的DNA序列多态性 ,17只个体具有 17种基因型 ,在扩增的长为 5 2 3bp的基因片段中 ,共检测到 3 7个多态性核苷酸位点 ( 7 0 7% )。UPGMA法构建的分子系统树表明不同地理种群中国对虾存在一定程度的遗传分化 ,长岛群体与烟台群体遗传关系较近 ,宁波群体次之 ,青岛群体为相对独立的一支。 | 邱高峰 常林瑞 徐巧婷 方雄英 楼允东 | 2000 | Zoological Research2000，21，1： | 40 |
| 11 | 活性污泥中好氧反硝化菌的富集筛选及鉴别显示文摘采用SBR反应器,以硝基氮为底物,通过间歇曝气方式,DO保持5mg/L以上,对活性污泥进行强化驯化,实现好氧反硝化细菌的富集培养。利用琥珀酸钠作为碳源,溴百里酚蓝(BTB)作为pH指示剂,共筛选得到20株BTB琼脂平板阳性菌。通过反硝化性能测定,复筛得到4株好氧反硝化细菌。实验结果表明,琥珀酸盐为碳源、硝酸盐为惟一氮源、C/N<10的条件下,4株菌在4d内的TIN去除率均达到60%以上。通过16SrRNA序列同源性比较成功鉴定出3株菌,初步判断2株属于Pseudomonas菌属、1株属于Delftia菌属。 | 翟茜 汪苹 李秀婷 项慕飞 | 2007 | 环境科学与技术2007，30，1： | 33 |
| 12 | 养殖大黄鱼(Pseudosciaena crocea)3种致病弧菌的分子鉴定及其系统发育学分析显示文摘从患病养殖大黄鱼分离到3株病原菌H040823-1、H050704-1、H050815-1,经常规生理生化鉴定均属于弧菌属的种类,API20E快速鉴定菌株H040823-1为副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyti-cus),菌株H050815-1为溶藻弧菌(V.alginolyticus),菌株H050704-1不在API20E鉴定谱内。为了进一步确定其分类地位,测定了3株病原菌的16S rRNA和HSP60(heat shock protein,HSP60)基因部分序列。16S RNA基因系统进化分析表明,3株病原菌与副溶血弧菌、哈维氏弧菌、溶藻弧菌亲缘关系较近,相互之间同源性均大于96.9%,差异不明显。HSP60基因序列分析表明,菌株H040823-1、H050704-1、H050815-1的HSP60基因序列分别与V.parahaemolyticus(AF230951)、V.harveyi(EU036994)、V.alginolyticus(DQ664545)的同源性最高,分别为96.7%、99.8%和98.0%,而与其他弧菌HSP60基因的同源性均低于91.9%,3株病原菌相互之间同源性低于92.3%,差异显著。HSP60基因构建的系统进化树表明,H040823-1、H050704-1、H050815-1分别与V.parahaemolyticus、V.harveyi、V.alginolyticus聚类。综合以上结果,菌株H040823-1、H050704-1、H050815-1可分别鉴定为副溶血弧菌、哈维氏弧菌、溶藻弧菌。结果表明,HSP60基因比16S rRNA基因更适合用于海水鱼类致病性弧菌种间的分类研究。 | 王国良 祝璟琳 金珊 | 2008 | 海洋与湖沼2008，39，2： | 32 |
| 13 | 好氧反硝化细菌YX-6特性及鉴定分析显示文摘从对虾池塘筛选得到1株高效的好氧反硝化细菌,命名为YX-6。对该菌生长及反硝化性能间的关系进行研究;同时研究了不同温度、pH、盐度及碳源对该菌生长及反硝化性能的影响。结果表明,该菌反硝化作用主要发生在对数生长期,可将亚硝酸盐氮由10mg/L降至0;该菌最适生长及反硝化温度为30℃;pH值范围为7~9时最适于该菌生长及反硝化性能的发挥。该菌最适盐度范围为0~15;丁二酸钠、乙酸钠为该菌生长及反硝化的最适碳源。通过对YX-6菌株生理生化及16SrRNA分子鉴定,初步鉴定为凝结芽孢杆菌(Bacillus coagulans)。对该菌株亚硝酸还原酶基因进行序列分析,结果表明,该菌含有亚硝酸还原酶nirS基因。 | 安健 宋增福 杨先乐 胡鲲 路怀灯 佘林荣 | 2010 | 中国水产科学2010，17，3： | 30 |
| 14 | 鲍曼不动杆菌16SrRNA甲基化酶基因及氨基糖苷类修饰酶基因研究显示文摘鲍曼不动杆菌(Acinetobacter baumannii,Ab)是条件致病菌,但近年来已出现多重耐药株,被称为MDR-Ab。MDR—Ab已是医院感染病原菌中最常见菌种之一,并且对包括β-内酰胺类和氨基糖苷类在内的常用抗菌药物呈现多重耐药性。我们曾报道了60株鲍曼不动杆菌9种氨基糖苷类修饰酶(AME)基因和部分β-内酰胺酶基因型研究情况, | 黄支密 糜祖煌 储秋菊 杨海燕 仵蕾 单浩 秦玲 | 2008 | 中华微生物学和免疫学杂志2008，28，8： | 27 |
| 15 | 禽大肠杆菌的分离与16S rRNA的鉴定显示文摘从疑似患有大肠杆菌病的病死鸡群中采取粪便样品,分离病原进行生化鉴定,从8份样品中分离鉴定出6株大肠杆菌。根据细菌16S rRNA基因的高度保守性,设计合成大肠杆菌的共同引物,对随机选取的1株细菌进行PCR扩增,并与GenBank中的E.coli16S rRNA进行序列比对,确定这株细菌与大肠杆菌的同源性达99%以上。本方法特异性好,为实验室鉴定大肠杆菌提供了一种简单、容易操作的手段。 | 师福山 赵德明 | 2009 | 中国畜牧兽医2009，36，2： | 28 |
| 16 | 新型生态浮岛在改善水质中的作用及生物膜载体微生物特征研究显示文摘设计了一种新型生态浮岛(IEFI),并对浮岛生物膜载体上的微生物进行了研究.结果表明,生物膜载体上的微生物对改善水质起到重要的作用,新型生态浮岛对COD、TN、TP的去除效果明显高于普通浮岛(CFI)(p<0.05).COD、TN、TP的最高去除率分别出现在9月、5月和11月.构建了生物膜载体上微生物的克隆文库,结果表明,该生物膜中的微生物群落结构与其他种类生物膜不太相同,其中变形菌门占细菌比例超过了67%,其次是拟杆菌门.在变形菌门中,Beta-变形菌最多,其次是Alpha-变形菌和Delta-变形菌.在Alpha-变形菌中,超过60%为红杆菌属.Beta-变形菌中绝大多数为伯克氏菌门,黄杆菌门占拟杆菌门中的75%.酸杆菌,Delta-变形菌和放线菌的作用尚不清楚,需要进一步研究.硅藻类同样在该生物膜载体上被监测到. | 马强 高明瑜 谭伟 谢慧君 王文兴 | 2011 | 环境科学2011，32，6： | 27 |
| 17 | 玉米秸秆与废弃白菜混贮料的发酵特性及其乳酸菌分离鉴定显示文摘将玉米秸秆(Zea mays)与废弃白菜(Brassica pekinensis)进行不同比例(玉米秸秆与废弃白菜鲜质量比分别为29∶19、27∶21、25∶23、23∶25、21∶27和19∶29)混合青贮,研究二者混贮60d时的化学组分和发酵品质,筛选出发酵品质最好的混贮比例,并对最优混贮料中的乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,所有混贮组的pH值均显著低于玉米秸秆单贮组(P<0.05),说明混合青贮品质优于单独青贮。混贮组中ME5组品质最佳,pH值和氨态氮/总氮显著低于其他混贮组(除ME4组外,P<0.05),乳酸含量显著高于其他混贮组(除ME1组外,P<0.05)。从ME5组中分离得到12株乳酸菌。分别为1株短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、3株植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、7株戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)和1株肠道肠球菌(Enterococcus hirae)。ME5组中乳杆菌属和片球菌属为优势属,且以同型发酵乳酸菌为主。 | 任海伟 赵拓 李金平 李雪雁 李志忠 徐娜 王永刚 喻春来 高晓航 王晓力 | 2015 | 草业科学2015，32，9： | 27 |
| 18 | 从不同反应器筛选、鉴别好氧反硝化菌显示文摘采用2个序批式反应器A和B,以硝态氮为唯一氮源,采用间歇曝气,以驯化、富集耐氧脱氮污泥.反应器A,其pH约为6.3,ρ(DO)为2.2~6.1 mg/L,碳氮比(ρ(C)/ρ(N),ρ(C)以ρ(CODCr)计)约为9;反应器B,其pH约为6.8~7.8,ρ(DO)为2.2~3.0 mg/L,ρ(C)/ρ(N)约为15.2个反应器的ρ(NO3^--N)均保持为80 mg/L.当2个反应器的总氮去除率达到60%以上,则认为完成好氧反硝化菌的富集.从2个反应器中共筛选得到20株BTB阳性菌,其中8株菌株的DNA样品经PCR成功扩增,进行16S rRNA测序.测序结果提交GenBank进行Blast同源性检索,并分析比对鉴别,判断8株菌株分属于假单胞菌(Pseudomonas),戴尔福特菌(Delftia),草螺菌(Herbaspirillum)和丛毛单胞菌(Comamonas)菌属.反硝化性能测定证实8株菌株均为好氧反硝化菌. | 汪苹 项慕飞 翟茜 | 2007 | 环境科学研究2007，20，4： | 25 |
| 19 | 三个鲤品种线粒体基因片段序列保守性显示文摘在红鲤、镜鲤和野鲤中进行线粒体 1 6SrRNA和Cytb基因片段的序列测定。结果发现 ,3个鲤品种在多达 859个碱基长度上无变异 ,但是与已报道的鲤全序列中的同源序列则有约 1 5%的趋异。这个结果提示 3个鲤品种可能在起源中是独立的一支 。 | 童金苟 吴清江 | 2001 | 水生生物学报2001，25，1： | 25 |
| 20 | 深海细菌的分子鉴定分类显示文摘从东太平洋海底 5,30 0m深的沉积物中分离到一批嗜冷细菌 ,克隆了其中 1 3株细菌的1 6SrRNA基因 ,通过其序列的测定和比较 ,对这 1 3株细菌进行了分子鉴定 ,结果表明它们分属于副球菌 ,假单胞菌 ,盐单胞菌和假交替单胞菌 4个不同的菌属 ,同时进行了系统发育分析。 | 曾润颖 赵晶 | 2002 | 微生物学通报2002，29，6： | 26 |
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